Det første Lochnagar destilleri blev brændt ned ved mistænkelige omstændigheder i 1824, og en erstatning blev igen brændt ned i 1841.
I 1845 byggede John Begg den "nye" Lochnagar. Destilleriet blev tildelt sin kongelige garanti i 1848, da John Begg inviterede Prince Albert til at besøge destilleriet fra det nærliggende Balmoral Castle, dronningens bolig på højlandet. Dagen efter blev destilleriet besøgt af dronning Victoria, prins Albert og deres børn.